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Text File  |  1995-03-04  |  2.4 KB  |  45 lines
  1. ********************************************************
  2. * Bacterial regulatory proteins, merR family signature *
  3. ********************************************************
  4.  
  5. The many bacterial transcription regulation proteins which bind DNA  through a
  6. 'helix-turn-helix' motif can  be  classified into subfamilies  on the basis of
  7. sequence similarities. One of these subfamilies groups together:
  8.  
  9.  - Mercuric resistance operon regulatory protein merR [1,2].  MerR,  which  is
  10.    found in many bacterial species mediates  the  mercuric-dependent induction
  11.    of the mercury resistance operon.  In the absence of mercury merR represses
  12.    transcription by binding tightly, as a dimer, to the 'mer' operator region;
  13.    when mercury is present the dimeric complex  binds a single ion and becomes
  14.    a potent transcriptional activator, while remaining bound to the mer site.
  15.  - nolA,  a  nodulation  protein  from  Bradyrhizobium  japonicum [3]. Nola is
  16.    involved in the genotype-specific nodulation of soybeans.
  17.  - soxR, a protein that, with the soxS protein, controls a superoxide response
  18.    regulon in Escherichia coli.
  19.  - tipA  from  Streptomyces  lividans [4]; tipA is a transcriptional activator
  20.    which binds to and is activated by the antibiotic thiostrepton.
  21.  - Escherichia coli hypothetical protein yehV.
  22.  - Escherichia coli hypothetical protein yhdM [5].
  23.  
  24. The 'helix-turn-helix' DNA-binding motif of these proteins  is  located in the
  25. N-terminal part of the sequences.  The pattern we use to detect these proteins
  26. starts at position 2 of the helix-turn-helix motif  and  extend three residues
  27. upstream of its C-terminal extremity.
  28.  
  29. -Consensus pattern: [GS]-x-[LIVMF]-A-x(2)-[STAC]-[GDE]-[IV]-[STAN]-x(2)-[STA]-
  30.                     [LIVM]-[RH]-x-[YW]-[DEQ]-x(2,3)-[GHQ]-[LIVM](2)
  31. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  32. -Last update: June 1994 / Pattern and text revised.
  33.  
  34. [ 1] Helmann J.D., Ballard B.T., Walsh C.T.
  35.      Science 247:946-948(1990).
  36. [ 2] Helmann J.D., Wang Y., Mahler I., Walsh C.T.
  37.      J. Bacteriol. 171:222-229(1989).
  38. [ 3] Sadowsky M.J., Cregan P.B., Gottfert M., Sharma A., Gerhold D.,
  39.      Rodriguez-Quinones F., Keyser H.H., Hennecke H., Stacey G.
  40.      Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 88:637-641(1991).
  41. [ 4] Holmes D.J., Caso J.L., Thompson C.J.
  42.      EMBO J. 12:3183-3191(1993).
  43. [ 5] Christie G.E., White T.J., Goodwin T.S.
  44.      Gene In press(1994).
  45.